A szakkollégium kurzusrendszere egy intenzív, kiscsoportos foglalkozásra épülő egy vagy két féléves kurzusokból álló rendszert jelent, aminek kialakításához eredetileg a Soros Alapítvány biztosította az anyagi hátteret, az eredeti inspirációt pedig az angolszász egyetemeken működő tutori képzés adta. Minden tag számára kötelező félévenként egy-egy kurzuson résztvenni, illetve ebből beszámolni. E kötelezettség alól felmentést kapnak a különböző okokból, elsősorban külföldi tanulmányi ösztöndíj miatt a szakkollégiumban félévet halasztó diákok.

A kurzusrendszer mai formáját a 2005-ben végrehajtott, a szakmai munka egészét áttekintő reform során alakította ki a Szakkollégium. Ennek megfelelően a Szakkollégiumban léteznek alapozó-, ismeretbővítő- és kutatókurzusok. A szakkollégium egyrészt lehetőséget ad arra, hogy egy-egy tudományterülettel az egyetemi színvonalnál jóval mélyebben is megismerkedhessenek a tagok, másrészt fontosnak tartja azt is, hogy olyan témákkal is megismerkedjenek a széchenyisek, mely egy magát értelmiséginek valló ember számára alapvető, az egyetemen azonban nem, vagy nem megfelelően lehet ezzel találkozni.

A szakkollégium hagyományainak megfelelően kialakított 3-5 sávra elsős egyetemisták jelentkezhetnek. Az újonnan felvett széchenyisek négy féléven át alapozó kurzusokon vesznek részt. Ezek a kurzusok a szakkollégium szakmai életébe történő integrálódást, a sávhoz kötődő tudományterület alapjait, illetve egymás megismerését is elősegítik. A négy féléves alapozó kurzusok egymásra épülnek, így az adott sávra jelentkezett szakkollégistának ezeket kötelezően el is kell végeznie. A sáv választásával kapcsolatos kötelezettségek azonban ezzel ki is merülnek, így az érdeklődéstől függően később más területekkel is meg lehet és érdemes is megismerkedni a szakkollégiumban. Az alapozó kurzusokat ismeretbővítő- és kutatókurzusok egészítik ki, amelyek kiválasztása a diákok érdeklődési körének megfelelően történik.

A heti rendszerességű szakkollégiumi kurzusok 11-12, egyenként másfél órás alkalomból állnak. A félév végén a szakkollégistáknak a felvett kurzusokból be kell számolniuk. Ennek alapvető formája egy írásbeli beszámoló elkészítése és annak szóbeli megvédése. A beszámoló dolgozatnak a kurzus során elsajátítottakra és egyéni kutatásra, továbbgondolásra kell épülnie. A kurzusvezető azonban adott esetben az SzTT-vel egyeztetve más formát (például folyamatos számonkérést, zárthelyi dolgozat írását) is meghatározhat.

Az ismeretbővítő kurzusokat látogató szakkollégisták írásbeli beszámolóikat az SzTT-nek nyújtják be, és azokat a 2001/2002-es tanév őszi féléve óta külső (a kurzusvezető személyével nem egyező) opponens értékeli az SzTT által kidolgozott, a TDK-éhoz hasonló kritériumrendszer alapján. Ezzel párhuzamosan a tagok egymás dolgozatát is opponálják, és észrevételeiket a szóbeli beszámolón mondják el. A beszámoló elfogadásáról vagy elutasításáról a külső opponensnek kell - írásban - nyilatkoznia. Ezzel a rendszerrel a szakkollégiumi beszámolók és egyúttal a szakmai munka színvonalának növekedését kívánta a Szakkollégium elérni. Ez sikerült is, hiszen a neves szakemberek (például makro-pénzügyes kurzusok esetében a Magyar Nemzeti Bank munkatársainak) bírálatai a komolyabb megmérettetésekre is felkészítik a diákokat.

Egynél több beszámoló kihagyása 1996-ig a szakkollégiumból való automatikus kizáródást vonta maga után, de ennek a gyakorlatban nem volt könnyű érvényt szerezni, s ez rengeteg személyes konfliktushoz is vezetett. Az 1996-os reform újdonsága volt, hogy a bonyolult beszámolás-halasztási rendszert megszüntette, s bizonyos feltételek mellett a kizáródás után lehetőséget biztosított a visszavételre.

A beszámolókkal szembeni elvárások mások egy alapozó kurzuson, ahol inkább a megismert anyag többé-kevésbé önálló visszaadása, alkalmazása a cél, míg az ismeretbővítő kurzusokon nem ritka a TDK-dolgozat korai változatának számító beszámoló sem. A beszámolót az írásos opponensi vélemény megszületése után szóban is köteles megvédeni a kurzustag. A szóbeli védés általában - a megkezdődő vizsgaidőzak miatt - kevésbé hangsúlyos, de lehetőséget nyújt a diákoknak, hogy visszajelzéseket kapjanak a dolgozataikra, és gondolataikat, ötleteiket megvitassák egy szakemberrel, illetve a többi kurzustaggal.

Korábban a Kollégium - saját belső igényeinek felmérése után - felkérést küldött ki kutatóknak, egyetemi oktatóknak arra, hogy kurzustervekkel pályázzanak, amelyek elfogadásáról a nyári táborában született döntés. A pályáztatás rendszerét a tematikai fókuszálás miatt ma már jóval megtervezettebb módon alkalmazzuk, és a Szakkollégium körül sikerült egy részben végzett szakkollégistákból is álló tanári "törzs" gárdát kialakítanunk. A kurzusvezetőkkel szemben támasztott követelmények továbbra is változatlanok. A kurzusvezető tanártól elvárjuk, hogy részletes tanmenettel jelentkezzen, a félév során a lehető legmagasabb teljesítményt nyújtsa, segítse a diákokat a TDK-dolgozatok megírásában, s az időről-időre (legalább félévente) összehívott tanári konferencián észrevételeivel, tanácsaival segítse a szakkollégiumot a tudományos-szakmai munka fejlesztésében. A szakkollégium tanárait a szakkollégiumhoz kötődő alapítványon keresztül ösztöndíjban részesítjük (a közösségi alapértékek megőrzésének érdekében a diákok által tartott kurzusok vagy vezetett kutatómunkák esetében a kollégium nem fizet kurzusvezetői ösztöndíjakat). Több tanárunk szakkollégiumi kurzusa keretében próbált ki új tananyagot, oktatási formát, például az internetre épülő virtuális kurzus lehetőségét.