A szakkollégiumok közötti együttműködés kezdetben főként "politikai" dimenziók mentén szerveződött, mára azonban a közös szervezésű rendezvények és szakmai programok váltak dominánssá.

Hosszú viták eredményeképpen 1993-ban egy közös Charta került elfogadásra, amelyben megfogalmazták a szakkollégiumok ismérveit és céljait. Ez a legfontosabb hármas alapelvként a diákönkormányzatiságot, a szakmaiságot, valamint a társadalmi érzékenységet rögzíti.

A rendszerváltást követő években került sor az ún. oxfordi diákcsere-programra, mely a Soros Alapítvány támogatásával jöhetett létre. Ez három szakkollégium (a Rajk, a Bibó és a Széchenyi) egyenként két-három tagjának jelentett kéthetes oxfordi tanulmányutat, amit ugyanennyi ottani diák vendégül látása követett. A többi szakkollégiummal hosszú időn át minimális volt a kapcsolatunk, sportrendezvényeket, a lakitelek-tőserdei éves találkozót és a két(-három) évenkénti közös nyári tábort leszámítva alig fordult elő közös rendezvény.

A mai professzionalizált kurzusrendszert a Rajk, a Jogász (ma Bibó István) és a Széchenyi Szakkollégium együtt, egy időben vezette be a Soros Alapítvány támogatásával. A szakkollégiumok tagjai rendszerint korlátozás nélkül áthallgathatnak egymás kurzusaira, a gyakorlatban ez azonban nem jelent néhány főnél többet.

1995-96 során az említett szakkollégiumok vezetése intenzív egyeztetést folytatott a működés finanszírozásáról, aminek eredményeképpen közös javaslatot terjesztettek a Soros Alapítvány elé. Az Alapítvány ennek alapján egy speciális programot indított be 1996 tavaszán a szakkollégiumok támogatására - a korábbinál jóval nagyobb összeggel. Ugyanakkor azt is világossá tette, hogy - összhangban a számára meghatározott feladatok befejezéséből eredő következményekkel - támogatása néhány éven belül véget ér. Ez a finanszírozás szempontjából is sürgetővé tette a szakkollégiumok intenzívebb együttműködését.

A Soros Alapítványnak - mint a szakkollégiumok első számú finanszírozójának - szerepét 1999-től fokozatosan a Miniszterelnöki Hivatal vette át. Az állami finanszírozás hosszú távú biztosítása szempontjából kívánatosnak tartottuk volna, hogy a szakkollégiumi mozgalom szervezettebb kereteket öltsön, úgy gondoltuk ugyanis, hogy ez egyértelművé tenné a mindenkori kormányzat számára, hogy kit tekintsen tárgyalófélnek, egyszersmind elejét venné a kizárólag állami támogatások megszerzésére létrehozott szakkollégiumok megjelenésének. A vezető szakkollégiumok egy részének ellenállása miatt ez a tervünk nem valósult meg. Ugyanakkor egyetértés mutatkozott abban, hogy lényegében a Soros Alapítványéval megegyező, a szakkollégiumi igényekhez jól illeszkedő támogatási rendszer kialakítását kérjük a Miniszterelnöki Hivataltól (MeH), amely erre teljes mértékben késznek is mutatkozott.

A 2002. évi kormányváltást követően a MeH szakkollégiumi programja megszűnt, aminek következtében újra aktuálissá vált a közös fellépés a kormányzat felé. 2003 tavaszán a Széchenyi kezdeményezésére az ország szinte összes szakkollégiumának részvételével került sor az I. Országos Szakkollégiumi Nyíltnapra. Ennek céljai között szerepelt a szakkollégiumi mozgalom megismertetése a felsőoktatás szélesebb nyilvánosságával és az oktatási kormányzattal. Jelenleg folyik a közös egyeztetés a szaktárcával a finanszírozás jövőbeli biztosításáról. Úgy tűnik, immár a többi nagyobb szakkollégium is kész arra, hogy a mozgalom kereteit megszilárdítsuk (például valamilyen társulás vagy államilag elismert kritériumok formájában). A jövő kérdése, hogy erre mikor és milyen módon kerülhet sor.